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공익법인 ((구)지정기부금단체) 지정추천 신청 절차

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작성자

강삼엽

조회수

1,554

날짜

2021-10-22

첨부파일

공익법인(지정기부금단체) 지정 신청.pdf

공익법인 ((구)지정기부금단체) 지정추천 신청 절차

(법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 바목)

1. 공익법인의 개념

세법상 공익법인은 “법인세법”상 비영리법인으로서 “상속세 및 증여세법 시행령” 제12조 각호

에 열거된 공익사업을 영위하는 법인을 말한다

(1) 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업

(*) 종교단체는 법인등록 여부와 관계없이 고유목적사업으로 공익법인 여부를 판단한다

(*) 종교단체가 공익법인 등에 해당하는지 여부는 법인으로 등록했는지에 관계없이 당해 종교

단체가 수행하는 정관상 고유목적사업에 따라 판단하는 것임 (재산-274, 11.6.7)

(*) 국외에 주된 사무소가 있는 종교단체는 공익법인이 아님

(*) 출연받은 재산을 고유목적사업 사용시 증여세 과세가액불산입하는 공익법인(종교단체)는

주된 사무소가 국내에 소재하는 경우를 말함 (서일46014-11530, 03.10.28)

(2) 초중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교, 유아교육법에 따른 유치원을 설립,경영하는 사업

(*) 학원법에 의해 설립된 유치원은 공익법인이 아님

(3) 사회복지사업법의 규정에 의한 사회복지법인 운영하는 사업

(4) 의료법의 규정에 의한 의료법인이 운영하는 사업(개인병원이 운영하면 공익법인이 아님 )

(5) 법인세법 24조2항1호에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업

(6) 법인세법시행령 39조1항1호 각 목에 따른 공익법인등 및 소득세법 시행령 80조1항5호에 따른 공익 단체가 운영하는 고유목적사업, 다만 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대 가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다

(7) 법인세법 시행령 39조1항2호다목 에 해당하는 기부금을 받는자가 해당 기부금으로 운영하는 사업

다만 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다

고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다

2. 지정추천 절차 (신규 및 재지정 신청)

비영리

법인 등

추천신청

⇒

신청서류

제출

관할세무서

(법인세과)

추천

⇒

매분기 마지막달의 직전 달 10일까지

기획재정부

지정

⇒

매분기

마지막달

말일 고시

기획재정부

홈페이지

* 2021.1.1. 이후 지정하는 분부터 지정추천 업무 이관 (주무관청→국세청)

< 분기별 신청기간 >

구 분	분기별 신청기간	국세청 추천기한	기획재정부 지정일
1분기	전년도 10/11∼당해연도1/10	2/10	3/31
2분기	당해연도 1/11∼4/10	5/10	6/30
3분기	당해연도 4/11∼7/10	8/10	9/30
4분기	당해연도 7/11∼10/10	11/10	12/31

* 2021년에 지정받고자 하는 법인은 2021.10.10.까지 신청해야 함

3. 신청 대상법인 (지정요건 - 법인세법 시행령 제39조 제1항 1호 바목)

다음 요건을 모두 충족한 민법상 비영리법인․비영리외국법인․사회적협동조합․공공기관(공기업 제외) 또는

[1]	가) 「민법」상 비영리법인 또는 비영리외국법인의 경우 ()정관의 내용상 수입을 회원의 이익이 아닌 공익을 위하여 사용하고 사업의 직접 수혜자 가 불특정 다수일 것 (비영리외국법인의 경우 추가적으로 재외동포의 출입국과 법적지위에 관한 법률」제2조 에 따른 재외동포의 협력·지원, 한국의 홍보 또는 국제교류·협력을 목적으로 하는것일 것) ()사업의 수혜자가 불특정 다수일 것의 취지는 사업의 직접 수혜자가 회원 및 소수의 특 정인만을 위해 한정되는 것을 방지하기 위한 것임 나) 사회적협동조합의 경우 ()정관의 내용상 「협동조합 기본법」 제93조제1항제1호부터 제3호까지의 사업 중 어느 하나의 사 업을 수행하는 것일 것 다) 공공기관 또는 법률에 따라 직접 설립된 기관의 경우 ()설립목적이 사회복지·자선·문화·예술·교육·학술·장학 등 공익목적 활동을 수행하는 것일 것 (*) 공익목적이 아닌 회원 또는 회원사의 이익을 대변하는 단체이거나 친목도모 성격의 단체는 지정대상에서 배제됨
[2]	○정관에 해산시 잔여재산을 국가, 지방자치단체 또는 유사한 목적을 가진 다른 비영리법인에 귀속하도록 한다는 내용이 기재될 것 다만, 사회적협동조합이 「협동조합 기본법」제104조에 따라 해산시 잔여재산의 처리를 정관에 규정한 경우 인정
[3]	○ 인터넷 홈페이지가 개설되어 있고, 홈페이지를 통해 연간 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한다는 내용이 정관에 기재되어 있을 것 (블로그,카페는 원칙적으로 인정되지않으나, 포털사이트 검색이 가능하고 연중 자료열람에 제한이 없는등 홈페이지의 기능을 하는 경우 예외적으로 인정함) ○ 법인의 공익위반사항을 관리·감독할 수 있는 기관(국민권익위원회, 국세청 또는 주무관청 등) 중 1개 이상의 곳에 제보가 가능하도록 공익위반사항 관리·감독기관이 개설한 인터넷 홈페이지와 해당 법인이 개설한 홈페이지가 연결되어 있을 것 ○ 재지정신청의 경우 매년 기부금 모금액 및 활용실적을 해당 비영리법인 및 국세청 홈페이지 에 각각 공개하였을 것 ○ 홈페이지 주소를 추천 신청서에 기재하고, 반드시 불특정다수가 공익목적을 확인할 수 있도록 지정기부금단체 명의의 독립된 한글 홈페이지가 개설되어 있을 것 ○ 기부금 모금액이 없는 경우에도 기부금 모금액 및 활용실적을 공개해야 함
[4]	○ 지정일이 속하는 연도와 그 직전 연도에 해당 비영리법인의 명의 또는 그 대표자의 명의로 특정 정당 또는 특정인에 대한 「공직선거법」 제58조제1항에 따른 선거운동을 한 것으로 권한 있는 기관이 확인한 사실이 없을 것 (*) 2021년에 지정되면 그 직전연도인 2020년도에도 선거운동 한면 안됨
[5]	○ 지정이 취소되거나 지정이 제한된 경우에는 지정 취소를 받은 날 또는 지정기간 종료일부터 3년이 경과하였을 것 (*)지정취소(재지정제한)의 사유가 지정요건(➊∼➌) 미충족 사유에만 한정되는 경우에는 해당되지 아니함

법률에 따라 직접 설립된 기관

(*) 신청 대상 유의사항

○ 그동안 법령 등에 의해 기부금단체로 인정되었던 아래의 단체는 2021년부터 지정추천 절차를 통해 기획재정부로부터 지정을 받아야 법인세법상 공익법인의 지위를 유지할 수 있음

(2021년 지정받고자 하는 경우, 2021.10.10.까지 관할세무서로 신청하여야함)

2018.2.13.전에 인·허가 받은 학술연구·장학·기술진흥·문화예술·환경단체

2018.2.13.전에 (구)법인세법 시행규칙 별표6의2로 지정됐던 기부금단체

2018.1.1.전에 (구)법인세법 시행규칙 별표6의7로 지정됐던 단체 중 지정기한이 만료되는 단체

* 2021년에 신청 시 1번은 신규신청, 2･3번은 재지정신청에 해당함

4. 신청 시 구비서류

(1) 공익법인 등 추천 신청서(별지 제63호의5 서식)

(2) 법인의 설립을 증명할 수 있는 다음의 서류

구 분	제출서류
민법상 사단･재단 법인, 공공기관 또는 법률에 따라 직접 설립된 기관	법인설립허가서
사회적 협동조합	사회적협동조합 설립인가증 및 법인등기사항 증명서**
비영리외국법인	외국의 정부가 발행한 해당법인의 설립에 관해 증명할 수 있는 서류(영문서류는 한글 번역서류도 포함하여 제출)

* (법률에 따라 등록된 기관) 주무관청에 등록된 사항을 증명할 수 있는 서류로 대체 가능

(3) 정관

(4) 최근 3년간 결산서 및 해당 사업연도 예산서

(*)제출일 현재 법인 설립기간이 3년이 경과하지 아니한 경우에는, 제출가능한 사업연도의 결산서, 해당 사업연도 예산서, 추천을 신청하는 날이 속하는 달의 직전월까지의 월별 수입·지출 내역서

(5) 지정일이 속하는 사업연도부터 향후 3년동안 기부금을 통한 사업계획서

(재지정 신청의 경우 5년)

(6) 법인 대표자의 공익법인 등 의무이행준수 서약서(별지 제63호의6 서식)

(7) 기부금 모금 및 지출을 통한 공익활동보고서

* 신규신청 시 : ① ~ ⑥ 제출 / 재지정 신청 시 : ① ~ ⑤, ⑦ 제출

5. 신청방법

(1) (홈택스) 국세청 홈택스(www.hometax.go.kr)를 통한 전자 접수

* 홈택스(공인인증서 로그인) > 신청/제출 > 신청업무 > 공익법인 지정추천 신청

(2) (우편/방문) 주사무소 및 본점 소재지 관할세무서에 구비서류 접수

6. 지정기간

(1) 신규신청

지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년간

(2) 재지정신청

지정기간이 끝난 후 2년 이내 재지정되는 경우 재지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 6년간

7.기부자에 대한 세제혜택

(1) 법인 : 지출하는 기부금은 소득금액의 10% 한도 내에서 전액 손비인정

(2) 개인 :지출하는 기부금에 대하여는 소득금액의 30%(종교단체 10%)를 한도로 기부금의 15%

(1천만원 초과분은 30%)를 세액공제. 단, 개인사업자는 한도 내 금액을 필요경비로 인정

8. 공익법인 지정취소 사유

(1) 상증세법상 의무위반으로 사업연도별로 1천만원 이상(가산세 포함) 추징된 경우

(2) 다음의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 법인이 목적 외 사업을 하거나 설립허가의 조건에 위반하는 등 공익목적을 위반한 경우

나. 법인세법상 지정요건 및 의무사항을 위반한 경우(전용계좌 개설·사용, 결산서류 등 공시등)

다. 의무의 이행 여부에 대한 주무관청의 보고요구에도 불구하고 이를 보고하지 아니한 경우

(3) 불성실기부금수령단체로 명단이 공개된 경우

(4) 법인의 대표자, 대리인, 사용인 또는 그 밖의 종업원이 「기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률」을

위반하여 징역 또는 벌금형이 확정된 경우

(5) 법인이 해산한 경우

9. 재지정 배제사유

지정기간이 끝난 후에 그 법인의 지정기간 중 “ 공익법인 지정취소 사유”중 어느 하나에 해당하는 사실

이 있었음을 알게 된 경우에는 그 법인에 대하여 재지정 배제

10. 기부금영수증 관련 의무사항

(1) 「기부금영수증」을 발급하는 경우에는 「법인세법 시행규칙」 별지 제63호의3 서식

(또는「소득세법 시행규칙」별지 제45호의2 서식)으로 발급

(2) 기부금영수증을 발급하는 경우에는「기부자별 발급명세」를 작성하여 5년간 보관

(「법인세법 시행규칙 별지 제75호의2 서식,「소득세법 시행규칙」별지 제29호의7서식(1))

(해당 사업연도의 기부금영수증 총 발급건수 및 금액을 기재한 「기부금영수증 발급명세서」를 사업연도 종료일부터 6개월 이내에 관할세무서에 제출(「법인세법 시행규칙」 별지 제75호의3 서식))

* 제출경로 - 홈택스(wwww.hometax.go.kr) > 신고/납부 > 일반신고 > 기부금영수증 발급명세서

11. 상속세 및 증여세법상 의무사항

기획재정부 지정된 공익법인의 경우 「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 제9호에 따른 공익법인에 해당

하므로 다음의 의무사항을 이행해야 함

(아래의 의무를 미이행하는 경우 지정취소 되거나, 증여세 또는 가산세가 부과될 수 있음)

(1) 국세청에 제출·신고해야 하는 서류

구 분	내 용
~~공익법인~~전용계좌 개설 신고	대상	모든 공익법인 (종교법인 제외)
~~공익법인~~전용계좌 개설 신고	신고기한	최초로 공익법인에 해당하게 된 날부터 3개월 이내
출연재산 보고서 제출	대상	출연재산이 있는 모든 공익법인
출연재산 보고서 제출	제출기한	사업연도 종료일부터 3개월 이내
결산서류 공시	대상	모든 공익법인(종교법인 제외) 총자산가액 5억원 미만이고 수입금액과 출연재산의 합계액이 3억원 미만인 공익법인은 간편서식으로 공시 가능
결산서류 공시	공시기한	사업연도 종료일부터 4개월 이내
외부전문가 세무확인서 제출	대상	총자산가액 5억원 이상이거나 수입금액과 출연재산의 합계액이 3억원 이상인 공익법인
외부전문가 세무확인서 제출	제출기한	사업연도 종료일부터 3개월 이내
외부 회계 감사보고서 제출	대상	직전 사업연도 총자산가액 100억원 이상 또는 수입금액과 출연재산가액 합계액이 50억원 이상 또는 출연재산가액이 20억원 이상인 공익법인 (종교․학교법인, 유치원 제외)
외부 회계 감사보고서 제출	제출기한	사업연도 종료일부터 3개월 이내
기부금 모집․ 활용 실적 제출	대상	기획재정부장관이 지정하는 기부금단체
기부금 모집․ 활용 실적 제출	제출기한	다음연도 4월30일까지 (국세청 홈택스, 단체 홈페이지에 각각 공개)

(2) 공익법인 운영 시 지켜야 하는 의무

구 분		내 용
장부의 작성․비치		사업연도별로 출연받은 재산 및 공익사업 운용내용 등에 대한 장부 작성 (10년간 보존)
전용계좌 사용		전용계좌 사용의무 대상거래에 대해서 전용계좌 사용
출연재산 등을 직접 공익목적에 사용	출연재산	출연받은 재산을 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용
	출연재산 매각대금	1년 내 30%, 2년 내 60%, 3년 내 90% 이상 공익목적사업에 사용
	운용소득	1년 내 70% 이상 직접 공익목적사업에 사용 (성실공익법인 80%)
주식 취득 ‧ 보유	주식을 출연 받거나, 취득하는 경우	의결권 있는 내국법인 주식의 일정 비율 초과 보유 금지 *일반공익법인 5%, 상호출자제한기업집단과 특수관계없는 성실공익법인 10%(자선・장학・사회복지 목적 성실공익법인 20%)
	계열기업의 주식보유	특수관계 있는 내국법인의 주식가액이 총재산가액의 30%(외부감사 등 예외적인 경우 50%) 초과보유 금지
이사구성 등 제한		출연자 등이 이사의 1/5 초과 금지 또는 임직원 취임 금지
공익법인 회계기준 적용		외부 회계감사의무 공익법인, 결산서류 공시 대상 공익법인 (의료법상 의료법인, 사립학교법상 학교법인 제외)
기 타		특정기업의 광고 등 행위 금지, 자기내부거래 금지, 특정계층에만 공익사업 혜택 제공 금지 등

12. 법인 명칭을 변경하는 경우

(1)이미 공익법인으로 지정받은 비영리법인 등이 당해 법인의 명칭을 변경하는 경우 아래의 서류와

함께 관할세무서(또는 홈택스)로 공익법인 등 명칭변경 신청서를 제출해야한다

(지정추천 신청기간과 동일)

* 구비서류 : ① 공익법인 등 명칭변경 신청서(별지 제63호의5 서식)

② 법인등기부등본(말소사항 포함)

③ 정관(구 정관, 신 정관, 신구 대비표 첨부)

(2)해당 법인이 명칭변경 후에도 지정요건을 충족하는 경우 관할세무서에서 기획재정부로 명칭변경 의뢰하고 기획재정부에서 매분기 종료일까지 그 사실을 관보 및 홈페이지에 고시

13. 정관변경시 필요서류

(1) 법인 정관 변경허가 신청서 (비영리법인의 설립 및 감독에 관한규칙-별지제4호서식)

(2) 정관변경 사유서 (특정된 양식은 없고 자유양식으로 작성)

(3) 변경될 정관 (신.구조문 대비표 첨부)

(*) 신.구조문 대비표는 특정한 양식은 없고 수정전 / 수정후로 표기

(*) 구정관, 신정관 함께 제출

(4) 정관변경과 관련된 총회 또는 이사회 회의록

(5) 온라인접수 방법 -> 문서24(행정안전부)사이트 통해 접수

14. 개정사항

(1) 지정추천 신청 관련 (2021.1.1. 이후 지정하는 분부터 적용)

현 행	개 정
ㅇ (지정신청) 비영리법인 등 → 주무관청	ㅇ (지정신청) 비영리법인 등 → 국세청(소재지 관할세무서)
ㅇ (지정추천) 주무관청→기획재정부	ㅇ (지정추천) 국세청→기획재정부
ㅇ (지정기간) → 6년	ㅇ (지정기간) 이원화 - 신규지정 : 3년 - 재지정 : 6년* * 신규지정 후 사후관리 결과 공익성이 부합되는 단체만 재지정