Ⅰ. 개요

재건축 아파트 청산금 납부시 장기보유특별공제를 적용하는 방법에 대해 알아보고자 한다.

Ⅱ. 재개발, 재건축 준공 후의 양도차익 산정

소득세 법 100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 “재개발사업”, “재건축사업” 또는 “소규모재건축사업”을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존 건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획 등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음에 따라 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우 = ⅰ+ ⅱ

ⅰ 청산금 납부분 양도차익

관리처분계획인가 후 양도차익 x 납부한 청산금 / (기존건물과 부수토 지의 평가액 +　납부한 청산금)

ⅱ 기존건물분 양도차익

[관리처분계획인가 후 양도차익 x 기존건물과 부수토지의 평가액 / (기존건물과 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가 전 양도차익

2. 기존건물과 그 부수토지의 평가액의 범위

소득세법 시행령 166에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.

ⅰ. 평가액이 있는 경우

관리처분계획 등에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.

ⅱ. 평가액이 없는 경우

제 1호에 따른 가격이 없는 경우에는 소득세법 시행령 176의 2 ③의 방법을 순차적으로 적용하여 산정한 가액. (매매사례가액, 감정가액, 기준시가)

Ⅲ. 장기보유특별공제 적용방법

양도소득금액을 계산하기 위하여 위 Ⅱ에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제를 공제하는 경우 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

1. 청산금을 납부한 경우

ⅰ. 청산금 납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

ⅱ. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

2. 1세대 1주택 장기보유특별공제 적용시 유의사항

2020.1.1. 이후 양도분부터 1세대 1주택 비과세되는 고가주택 양도시 표2 적용을 받기 위한 요건에 2년 거주기간이 신설되면서 2년 거주한 경우에만 표2(최대 80%) 적용이 가능하고 그렇지 못한 경우에는 표1(최대 30%)을 적용받게 됩니다.

최근 유권해석은 청산금 납부분 양도차익의 경우 장기보유특별공제 적용시 관리처분계획인가일부터 신축주택 양도일까지의 기간으로 보유기간을 계산하기 때문에 청산금 납부분 양도차익과 관련한 장기보유특별공제 표2 적용을 위한 거주기간 계산 역시 관리처분계획인가일부터 신축주택 양도일까지의 기간으로 해석한 것으로 보입니다.

이에 따라 장기보유특별공제를 계산하는 경우에 기존주택에 2년 이상 거주하였더라도 신규주택에 2년 이상 거주하지 않았다면 기존건물분 양도차익에 대한 장기보유특별공제는 표2의 적용이 가능하지만 청산금 납부분 양도차익에 대한 장기보유특별공제는 표1을 적용하게 되는 것입니다.

* 좌측 [표1] , 우측 [표2] 의 장기보유특별공제율

Ⅳ. 관련 조문 및 예규

1. 사전법령해석재산2020-386(2020.11.23.)

재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공 및 청산금을 납부하고 관리처분계획등에 따라 취득한 1세대1주택에 해당하는 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우로서 기존주택에서는 2년 이상 거주했으나 신축주택에서는 2년 이상 거주하지 않은 경우에는 청산금납부분 양도차익에 대해 「소득세법」 제95조 제2항 표 2.에 따른 보유기간별 공제율을 적용하지 아니하는 것입니다.

2. 소득세법 제 95조 [양도소득금액]

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

3. 소득세법 시행령 제 159조의 3 [장기보유특별공제]

법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다.

4. 소득세법 시행령 제 166조 [양도차익의 산정 등]

[관리처분계획인가 후 양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 “청산금납부분양도차익”이라 한다) + {[관리처분계획인가 후 양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가 전 양도차익}(이하 이 조에서 “기존건물분양도차익”이라 한다)

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

2. 제2항제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

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